Alšėnų seniūnija yra Vidurio Lietuvoje, Kauno rajono savivaldybėje, Kauno apskrityje. Administracinis centras ir didžiausia gyvenvietė – Mastaičių kaimas. Gyventojų skaičius – apie 4000.
Seniūnija yra Vidurio Lietuvos žemumoje, tad čia vyrauja lygus, vietomis tik šiek tiek banguojantis kraštovaizdis. Vakarinei seniūnijos daliai tenka dalis didelio Kazlų Rūdos miškų masyvo, likusiame plote vyrauja dirbami laukai, vietomis užleidžiantys vietą besiplečiančioms gyvenvietėms. Didesnių upių nėra, tik ištiesinti upeliai.
Seniūniją kerta sarbiausias šalies kelias Via Baltica (A5). Taip pat eina rajoniniai keliai 1932, 1933. Alšėnų seniūnija yra Kauno miesto priemiesčių zonoje, tad čia, ypač rytinėje seniūnijos dalyje, sparčiai plečiasi naujakurių gyvenvietės. Gyventojų skaičius sparčiai auga.