Alytaus seniūnija supa to paties pavadinimo miestą iš vakarų pusės. Ji yra Pietų Lietuvoje (Dzūkijoje), Alytaus rajono savivaldybėje, Alytaus apskrityje. Pats Alytaus miestas į seniūnijos teritoriją neįeina. Administracinis centras ir didžiausia gyvenvietė – Miklusėnų kaimas. Gyventojų skaičius – beveik 4900.
Seniūnija pasižymi įvairiu kraštovaizdžiu – čia kalvotas pakilumas keičia gilus Nemuno slėnis, vakarinėje pusėje susitelkę keletas ežerų. Seniūnijoje vyrauja žemės ūkio naudmenos, tačiau šiaurinėje dalyje, Nemuno supamoje kilpoje, yra vienas vertingiausių Lietuvos miškų – Punios šilas. Čia įkurtas Punios šilo rezervatas, priklausantis Nemuno kilpų regioniniam parkui. Miškais taip pat apaugęs ir Nemuno slėnis.
Seniūniją kerta krašto kelias KK130, KK131, KK132, ir keletas rajoninių kelių. Kadangi seniūnija yra šalia Alytaus miesto, čia plečiasi priemiesčių zona, nors ir ne taip ryškiai, kaip šalia didesnių Lietuvos miestų. Demografinė situacija palyginti stabili.