Babtų seniūnija yra Vidurio Lietuvoje, Kauno rajono savivaldybėje, Kauno apskrityje. Administracinis centras ir didžiausia gyvenvietė – Babtų miestelis. Gyventojų skaičius – apie 3800.
Seniūnija yra Lietuvos Vidurio žemumoje, tad kraštovaizdis lygus. Tačiau iš šiaurės į pietus seniūnijos teritoriją kerta platus ir gilus Nevėžio slėnis, labai paįvairinantis paviršių. Be Nevėžio, teka jo intakai Striūna, Gynia ir kiti. Seniūnijoje yra keletas tvenkinių, atsiradusių patvenkus upes. Nevėžio slėnyje yra senvaginių ežerų. Miškų masyvai išsidėstę rytinėje (Babtų-Varluvos) ir vakarinėje (Padauguvos-Karalgirio) dalyse. Tai mišrūs, vietomis užpelkėję, ir vertingi miškai. Likusioje dalyje vyrauja dirbami laukai.
Babtų seniūnija yra labai patogioje georgafinėje padėtyje – čia eina svabiausi Lietuvos keliai Via Baltica, Kaunas-Klaipėda, krašto kelias KK229. Seniūnija yra gana netoli Kauno miesto, tad demografinė padėtis yra palyginti stabili.