Batniavos seniūnija yra Vidurio Lietuvoje, Kauno rajono savivaldybėje, Kauno apskrityje. Administracinis centras ir didžiausia gyvenvietė – Bubių kaimas. Gyventojų skaičius – apie 1100.
Per seniūniją eina Vilkijos-Čekiškės kalvagūbris, tad čia vyrauja neaukštos lėkštos kalvos. Seniūnijos pakraščiu, giliu ir plačiu slėniu teka Nemunas, į jį įteka Karklė, taip pat suformavusi labai gilų slėnį. Yra keletas dirbtinių vandens telkinių, atsiradusių Kvesų karjere. Didžiausias Pakarklės miškas, esantis šiaurinėje seniūnijos dalyje. Vyrauja žemės ūkio naudmenos.
Per seniūniją eina krašto kelias KK141, jungiantis Kauną ir Klaipėdą. Batniavos seniūnija yra netoli Kauno miesto ir iš dalies petenka į jo priemiesčių zoną, tad jos demografinė situacija yra gana stabili.