Čekiškės seniūnija yra Vidurio Lietuvoje, Kauno rajono savivaldybėje, Kauno apskrityje. Administracinis centras ir didžiausia gyvenvietė – Čekiškės miestelis. Gyventojų skaičius – apie 1400.
Seniūnija yra Vidurio Lietuvos žemumoje, tad vyrauja lygus kraštovaizdis. Jį paįvairina tik neaukštas Čekiškės kalvagūbris, gilus Dubysos slėnis. Be Dubysos, teka Striūna, Ringovė, Žąsinas ir kitos mažesnės upės. Miškų daugiau tik rytinėje seniūnijos dalyje ir Dubysos slėnyje.
Čekiškės seniūnija yra palyginti netoli Kauno, su kuriuo turi gerą susisiekimą keliais. Nors per seniūniją neina nė vienas magistralinis ar krašto kelias, čia susikerta nemažai rajoninės reikšmės kelių: 1907, 1917, 1925, 1947, 1955 ir kt. Čekiškės miestelis įdomus savo senąja dalimi su aikšte ir išlikusiais senais pastatais.