Daujėnų seniūnija yra Šiaurės Lietuvoje, Pasvalio rajono savivaldybėje, Panevėžio apskrityje. Administracinis centras – Daujėnų miestelis, didžiauia gyvenvietė – Girsūdų kaimas, šiek tiek didesnis už Daujėnus. Gyventojų skaičius seniūnijoje – apie 1000.
Daujėnų seniūnija yra Vidurio Lietuvos žemumoje, tad kraštovaizdis čia lygus, tik Daujėnų miestelis yra pakilumoje. Čia yra nemažai upių, dauguma kurių teka šiaurės vakarų kryptimi. Didžiausia iš jų Orija, tekanti į Pyvesą. Didžiausi miškų plotai pietvakarinėje ir šiaurės rytinėje seniūnijos dalyse. Seniūnijai tenka nedidelė dalis Žaliosios girios. Centrinėje dalyje, aplink Orijos upę, vyrauja žemės ūkio naudmenos.
Seniūnijoje magistralinių ar krašto kelių nėra – eina keli rajoninės reikšmės keliai: 3101, 3112, 3115.