Bukonių seniūnija yra Vidurio Lietuvoje, Jonavos rajono savivaldybėje, Kauno apskrityje. Administracinis centras ir didžiausia gyvenvietė – Bukonių kaimas. Gyventojų skaičius – beveik 1200.
Bukonių seniūnija yra Vidurio Lietuvos lygumoje, tad kraštovaizdis čia daugiausiai lygus, vietomis banguotas. Kraštovaizdį paįvairina tik neaukštas Bukonių-Veprių kalvagūbris. Per seniūniją prateka nemažai nedidelių upių: Platuma, Juodupis, Paliepė, Petrašiunka, Žadupė, Srautas, Lankesa. Telkšo nedidelis ežeras Žeimelis, prie to paties pavadinimo kaimo. Miškų gana nedaug, vyrauja žemės ūkio naudmenos.
Per seniūniją eina krašto keliai KK145, KK224, jungiantys seniūniją su rajono centrais Jonava, Kėdainiais, Ukmerge. Per pastaruosius du dešimtmečius gyventojų skaičius Bukonių seniūnijoje, kaip ir daugumoje kaimiškųjų seniūnijų Lietuvoje, sparčiai mažėjo – iš viso maždaug trečdaliu.